Могу ли я прописаться как единственная наследница в муниципальную квартиру отца, если он уже 3 года находится в розыске?

В первую очередь, Вам необходимо подать в суд заявление о признании Вашего отца утратившим право пользования жилым помещением в связи с длительным отсутствием. После вынесения судебного решения следует обратиться к наймодателю с письменным заявлением о перезаключении договора социального найма с Вами, приложив данное судебное решение. В соответствии с п. 2 ст. 82 ЖК РФ, член семьи нанимателя вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя. Согласно п. 1 ст. 69 ЖК РФ, к членам семьи нанимателя жилого помещения по договору социального найма относятся проживающие совместно с ним его супруг, а также дети и родители данного нанимателя. Таким образом, поскольку Вы относитесь к членам семьи нанимателя, Вы вправе требовать заключения с Вами договора социального найма.